Эль начала работать на съемочной площадке, когда ей не было и двух лет. Впервые она появилась в фантастическом мини-сериале «Похищенный», где сыграла героиню ее старшей сестры Дакоты в совсем юном возрасте и 2-летнюю Люси в картине «Я – Сэм». В 2002 году, когда маленькой актрисе исполнилось 4 года, она в первый раз появилась в кино уже без своей старшей сестры: в комедийном фильме Стива Карра «Дежурный папа» она сыграла малышку Джейми. В 2004 году выходит фильм с Ким Бэсинджер и Джеффом Бриджесом «Дверь в полу», где Эль достается уже более значимая роль – Рут Коул. Изначально планировалось пригласить для съемок девочек-близнецов, но продюсеры были настолько впечатлены игрой юной актрисы Эль Фэннинг, что других актрис приглашать не понадобилось. 26 января 2005 года состоялась премьера доброй семейной картины «Благодаря Винн Дикси», где Эль исполнила небольшую роль. В следующем году она предстала в роли Пенелопы в фильме «С кем бы отведать сыра» и сыграла Дебби Джонс в драматической картине, выигравшей «Золотой глобус» и получившей номинацию на «Оскар» — «Вавилон» с Брэдон Питтом и Кейт Бланшетт в главных ролях. В 2006 году юная актриса появилась еще в четырех картинах – «Дежа вю», «Потерянная комната», сериалах «Доктор Хаус» и «Закон и порядок: Специальный корпус».
В конце 2006 года Эль начала получать приглашения на главные роли. Первой такой работой стал образ Эммы Лернер в фильме «Запретная дорога». В середине 2007 года актриса начала сниматься в главной роли в картине «Фиби в Стране чудес» (мировая премьера состоялась в 2008 году). В этом же году актриса работала над ролью Мэри в фильме «Щелкунчик и Крысиный король» Андрея Кончаловского.
Фильм снимался в Венгрии и был выпущен в 2010 году. В 2008 году Эль исполнила небольшую роль в ленте «Загадочная история Бенджамина Баттона», а в следующем году с именитыми звездами Шарлиз Терон, Николасом Кейджем, Дональдом Сазерлендом и другими принимала участие в озвучивании мультфильма «Астробой». Сестры Фэннинг могли бы стать исполнительницами главных ролей в фильме «Мой ангел-хранитель». По сценарию главная героиня страдает лейкемией и актрисе, играющей эту роль, пришлось бы побрить голову налысо. Это и стало причиной отказа от участия в съемках картины. Роли достались Софии Васильевой и Эбигейл Бреслин. В 2009 году стало известно, что Эль исполнит главную роль в картине Софии Копполы «Где-то». Для того чтобы сыграть эпизод, в котором требовалось кататься на фигурных коньках актриса каждое утро вставала в 5 утра и шла на лед. В течение двух месяцев перед и после занятий в школе Эль оттачивала сцену. Фильм вышел в 2010 году и завоевал «Золотого льва» на 67 Венецианском кинофестивале.
В сентябре 2011 года состоялась мировая премьера триллера «Между сейчас и восходом», где Эль исполнила роль призрака Ви. Еще одна заметная работа юной актрисы – роль Элис в фантастической ленте Спилберга «Супер 8» (впервые была показана в июне 2011 года). На 22 декабря 2011 года запланирован премьерный показ картины «Мы купили зоопарк», где Эль исполняет одну из ведущих ролей – тринадцатилетнюю Лили. В 2011 году журнал Vogue назвал Эль и Дакоту Фэннинг «самыми стильными сестрами», их фотография украсит декабрьскую обложку глянцевого «W Magazine», а снимал «золотых сестричек» известный мастер фотографии Марио Сорренти. Кроме того, Эль стала Marc by Marc Jacobs.
